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PCR扩增技术连云港盐田嗜盐细菌多样性研究

时间:2019-01-10 11:52来源:毕业论文
采用PCR扩增技术对连云港盐田卤水中提取的嗜盐细菌总DNA基因特定序列进行扩增,再利用454高通量测序技术对16S rRNA基因进行测序,并对获得的有效基因序列进行优化,进一步得到优化序

连云港盐田嗜盐细菌多样性研究摘要:本文采用PCR扩增技术对连云港盐田卤水中提取的嗜盐细菌总DNA基因特定序列进行扩增,再利用454高通量测序技术对16S rRNA基因进行测序,并对获得的有效基因序列进行优化,进一步得到优化序列。将测序结果与silva数据库进行比对,结合微生物分类学方法,最终获取连云港盐田嗜盐细菌群落组成及其多样性特征。经过测序和分析,共得到6272条有效克隆序列,去杂后得到的优化序列占有效序列的88.61%(5558条)。按照0.03的相似水平,序列共划入420个OTU中。将同水样中的古菌和细菌进行比较,古菌丰度更大、多样性更高。在菌群结构分析上,所测序列可归入8个门,19个纲,85个科,155个属。门水平上,拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势门类;纲水平上,纤维粘网菌纲(Cytophagia)为优势纲类;科水平上,Rhodothermaceae为优势科类;属水平上,Salinibacter为优势属类。研究连云港盐田嗜盐细菌多样性不仅能让我们在微生物水平上了解当地卤水环境的基本特点,完善和发展盐类工业生产中的生物技术,而且能让我国高盐环境细菌物种资源得到保护和发掘,为进一步研究抗逆基因,耐盐机制等方面奠定基础。32513
毕业论文关键词:盐田;嗜盐细菌;454高通量测序;16S rRNA基因;多样性
The Diversity of Halophilic bacterial in the Lianyungang salt field
 Abstract:To obtain the community structure and persity of the halophilic bacteria in Lianyungang sail field,we use 454 high-throughput 16S rRNA sequencing.6272 valid sequence and 5558 optimized sequence and 420 OTUs were obtained finally. Compared with archaea, bacteria showed higher microbial richness and persity.The bacterial community was dominated by the classes Cytophagia in Bacteroidetes phylum and Gammaproteobacteria in Proteobacteria phylum.The study of persities of halobacteria in Lianyungang sail pond can not only help us to know the general features of local bittern at the level of microorganism,to improve and develop biotechnology in salt industrial manufacture.It can also enrich and protect the species resource of extremophiles in our country,and provide important reference for the exploitation of new species.

源自/六"维:论'文;网(加7位QQ3249"114 www.lwfree.cn


Keywords: salt field; Halophilic bacterial; 454 high-throughput sequencing; 16S rRNA; Diversity.
目录
引言    1
1材料与方法    2
1.1供试材料    2
1.1.1水样采集    2
1.1.2 采样地点介绍    2
1.2 实验流程与方法    2
1.2.1 宏基因组DNA提取    2
1.2.2 设计并合成引物接头    2
1.2.3 PCR扩增及产物纯化    3
1.2.4 PCR产物定量及均一化——荧光定量法    3
1.2.5 454高通量测序    3
1.3原始数据处理    3
1.3.1有效序列数据处理    3
1.3.2优化序列数据处理    3
1.4生物信息学分析    4
1.4.1 OTU生成    4
1.4.2分类学分析    4
1.5相关指数与曲线说明    4
1.5.1 稀释性曲线    4
1.5.2 多样性指数    4
2结果与分析    4
2.1 454高通量测序结果    4
2.2丰度、多样性数据分析    5
2.2.1 OTU划分    5
2.2.2菌群丰度    5
2.2.3菌群多样性    5
2.2.4测序深度    5
2.3 菌群结构分析    6
2.3.1 门(phylum)水平上菌群结构    6
2.3.2 纲(class)水平上菌群结构    7 PCR扩增技术连云港盐田嗜盐细菌多样性研究:http://www.lwfree.cn/shengwu/20190110/29152.html
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