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茄子WRKY转录因子家族基因的鉴定与系统进化分析

时间:2019-02-17 10:13来源:毕业论文
WRKY转录因子是高等植物十大转录因子之一,在调节植物生长和抗逆方面扮演着重要角色。关于茄子的WRKY转录因子家族,我们掌握的数据还很少。目前茄子基因组测序的完成,允许我们在

摘要: WRKY转录因子是高等植物十大转录因子之一,在调节植物生长和抗逆方面扮演着重要角色。关于茄子的WRKY转录因子家族,我们掌握的数据还很少。目前茄子基因组测序的完成,允许我们在此物种中系统的分析WRKY基因。74个全部的WRKY基因被标注和分类为7个小群。系统进化和同线性分析分析显示茄子的所有WRKY基因和拟南芥一样,起源于一个共同的祖先。基因结构分析表明: 茄子WRKY转录因子基因外显子数变异范围为2-7,大部分WRKY转录因子具有2-3个外显子。蛋白序列分析显示,茄子WRKY转录因子具有18个保守基序,除Group I和Group II外,核心保守基序区(Motif 1-2)在其余5个Group中均存在,且其组织模式相同,说明这个核心保守基序区是WRKY转录因子共有的。利用滑动窗口方法发现,8对同源基因中,7对受到负选择作用,只有1对受到正选择作用,发生适应性进化双重基因的比较分析表达水平表明在茄子WRKY同源基因中,基因表达分歧确实存在,进一步证实了这些双重WRKY基因的功能性分歧。33280
毕业论文关键字:WRKY;茄子;WRKY家族;基因;进化
Molecular Characterization and Evolutionary Analysis of the WRKY transcription factor family genes in Eggplant
Abstract:WRKY transcription factor is one of the top ten transcription factor in the higher plants in regulating plant growth and art plays an important role. About eggplant WRKYTF family, we master data were rare. The eggplant complete genome sequencing allow us to the analysis of the system in the species WRKY genes. 74 all WRKY genes was noted and classification in seven little group. Evolution and the linear analysis shows that the eggplant all WRKY gene and arabidopsis thaliana, originated from a common ancestor. Genetic structure analysis showed that: eggplant WRKY transcription factor gene exon number variation range is 2-7, most of the WRKY transcription factors have 2-3 exons Protein. Sequence analysis revealed that the eggplant WRKY transcription factors have 18 conservative Motif, in addition to the Group I and Group II, core conservative Motif area (Motif 1-2) on the remaining five exist, in the Group and its organization mode is the same, illustrate the core conservative Motif area is common to the WRKY transcription factors. Using the sliding window method, found that eight of homologous genes, 7 to by negative selection function, only 1 on by choosing different stages. gene expression level comparative analysis shows that in eggplant WRKY homologous gene, gene expression differences do exist, further confirmed the dual WRKY gene functional differences. 源`自*六)维[论*文'网www.lwfree.cn
Key words: WRKY transcription factor, Eggplant, WRKY family Gene, Evolution
目    录

摘  要    3
引言    4
1.数据与方法    5
1.1茄子WRKY基因检索与序列下载    5
1.2茄子WRKY基因序列比对与系统发生关系分析    5
1.3茄子WRKY蛋白保守基序组成模式分析    5
1.4茄子WRKY蛋白的选择压力检测    5
2.结果与分析    6
2.1茄子WRKY家族基因的鉴定    6
2.2茄子WRKY家族基因的系统进化关系    9
2.3茄子WRKY家族基因的结构特征    10
2.4茄子WRKY家族蛋白保守基序的组成模式    12
2.5基于滑动窗口检测同源基因对的选择压力    14
参考文献    16
附录    17
致谢    20
茄子WRKY转录因子家族基因的鉴定与系统进化分析引言
转录因子(transcription factor, TF)也称反式作用因子,是指那些具有同真核生物启动子特定DNA序列结合活性的蛋白质分子[1]。植物体内存在大量的转录因子,其主要功能是激活或抑制基因的转录效应。 WRKY是近年来新发现的植物特有新型锌指型转录调控因子, 因在其N-端含有由WRKYGQK组成的高度保守的7个氨基酸序列而得名。第一个WRKY转录因子是由Ishiguro等[1]于1994年从白薯中克隆得到, 随后在野燕麦、荷兰芹、拟南芥、马铃薯、白英、烟草和水稻中相继发现[2]。近年来,在拟南芥(Arabidopsis thaliana)、玉米(Zea mays)和矮牵牛(Petumia hybrid)等主要的模式植物中已经研究的很清楚[3]。已有很多证据表明:在果实成熟、种子表皮毛发育、蔗糖信号传导及赤霉素信号传导等过程中均发现了WRKY基因的表达[4-6]。 目前在拟南芥中共发现了74个WRKY成员,而水稻中则发现了105个完整的WRKY成员。研究发现,WRKY家族成员包含至少一个WRKY域,大约60个氨基酸组成的高度保守的标记锌指结构C2H2(C-X4-5-C-X22-23-H-X-H)或C2HC(C-X7-C-X23-H-X-C)。WRKY结构域及其专一结合的(T)(T)TGAC (C/T)序列(又称W-box)更多地存在于与抗病、损伤、衰老相关基因和水杨酸诱导基因的上游调控区域[7]。在茄科物种内已经有番茄、辣椒、土豆和烟草等物种被研究[8]。 茄子WRKY转录因子家族基因的鉴定与系统进化分析:http://www.lwfree.cn/shengwu/20190217/30278.html
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