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呼伦贝尔高原盐湖嗜盐细菌多样性分析

时间:2019-04-07 09:13来源:毕业论文
基于16S rRNA基因,通过PCR扩增技术对提取所得的呼伦贝尔高原盐湖水样的总DNA扩增,再采用454高通量测序的方法进行测序,利用群落生态学与微生物的方法结合分析测序所得的结果

摘要:本次论文中的实验研究是基于16S rRNA基因,通过PCR扩增技术对提取所得的呼伦贝尔高原盐湖水样的总DNA扩增,再采用454高通量测序的方法进行测序,利用群落生态学与微生物的方法结合分析测序所得的结果,将测序结果与silva数据库进行序列比对后能进一步得到呼伦贝尔高原地区盐湖湖水样品中的嗜盐细菌的生物多样性等生态学特征。其中,以海拉尔盐湖为呼伦贝尔高原地区盐湖的代表,经过统计分析得到嗜盐细菌有效序列为9903条,优化序列为8320条,有1325个OUT。对湖水样品中嗜盐菌进行分析,以门这个单元为分类单元,所得的8320个优化序列可依次归入13个门中,在这个分类单元上样品中最大的优势种是变形菌门(Proteobacteria);其次是占优化序列总数32.08%的拟杆菌门(Bacteroidetes),在科以及种分类单元下对优化序列进行分析,占优势地位的科与种分别只有5种和6种,在每个分类单元下都有大量序列属于未知序列或没有被分类的序列,说明在呼伦贝尔地区的海拉尔盆地内的盐湖中,已知的细菌数目比较少,更多的嗜盐菌种类还需要后人来进行研究,因此研究呼伦贝尔高原盐湖湖水中的嗜盐细菌多样性可以补充完善我国的高原盐湖中的微生物物种资源,同时本次实验所用的研究方法也可以为以后的实验研究做一个参考。34324
毕业论文关键词:极端嗜盐菌;微生物多样性;16S rRNA基因法;454高通量测序;呼伦贝尔高原盐湖
Analysis of Halophilic Bacteria Diversity in Hulun Buir Plateau Salt Lake,China
 Abstract: The experimental study is based on 16S rRNA genes,and use the PCR  technology to obtain the  DNAs  from Hulun Buir Plateau Salt Lake, then through 454 pyrosequencing test the sequencing of samples. Among of  the results,take Hailar Salt Lake on behalf of the Hulun Buir Plateau Salt Lake.On the earth, from the sample, obtained 9903 valid reads, 8320 trimmed reads., and 1325 operational taxonomic units (OTUs). The bacterial community in the sample was dominated into 13 phylums ,in the phylums,The main categories is Proteobacteria(Proteobacteria); 源自$六l维,论:文w网)加7位QQ3249^114 www.lwfree.cn
the second is Bacteroidetes (Bacteroidetes). In each level has a large number of sequence belongs to the sequence of unknown sequences or not to be classified. Research the halophilic bacteria persity in the Hulun Buir Plateau Saline Lake can complement the plateau microbial species of salt lake resources of our country. On the other hand,the method to research the species of Hulun Buir Salt Lake can be good case for study of microbial species later。
Keywords:  16S rRNA gene;HaloBacteria; microbiology persity; 454 pyrosequencing; Hulun Buir Plateau Salt Lake
目录
引言    1
1材料与方法    2
1.1研究材料    2
1.1.1采样地点    2
1.1.2 采样地点描述    2
1.1.3 实验研究中的样品采集    2
1.2 研究方法    3
1.2.1提取样品的宏基因组DNA    3
1.2.2宏基因组DNA完整性的检测    3
1.2.3 16S rRNA 基因的PCR扩增    3
1.2.4 PCR产物胶回收    4
1.2.5 产物荧光定量    4
1.2.6 对定量后的样品进行454测序以及对相关数据进行处理    4
1.3  对测序所得到的数据的分析    4
1.3.1 统计实验获得的有效序列数据    4
1.3.2 统计去杂处理之后的优化序列数据    5
1.3.3 对OTU分类单元的分析    5
2结果与分析    5
2.1 对经测序所得数据的处理和分析    5
2.2 嗜盐细菌多样性指数与丰度分析    5 呼伦贝尔高原盐湖嗜盐细菌多样性分析:http://www.lwfree.cn/shengwu/20190407/31794.html
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